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序列分析数据库及相关网址

时间:2011-09-27 16:46:41  来源:  作者:

NCBI(www.ncbi.nlm.nih.gov)-GenBank数据库

数据库相似性搜索——核酸序列与核酸数据库比较(BLASTN)

蛋白质序列与数据库中蛋白质序列比较(BLASTP)

两序列比对(Align two sequences)

DNA序列分析——ORF Finder(www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/gorf.html)

分析实验序列外显子部分——GENSCAN(http://genscanw.biosino.org)

分析实验序列的可能酶切位点——NEBcutter2.0 (http://tools.neb.com/NEBcutter2/index.php)

注: Custom digest -- view gel

限制性内切酶数据库——REBASE(http://rebase.neb.com/rebase/rebase.html)

设计引物扩增实验序列——Genefisher

Primer 3

蛋白质序列分析及结构预测:

1.预测蛋白质的分子量及等电点:ExPASy(Compute pI/Mw)

2.分析蛋白质的基本物理化学性质:ExPASy(ProtParam)

3.分析蛋白质的亲水性和疏水性:ExPASy(ProtScale)

4.分析蛋白质在各种蛋白酶和各种化学试剂处理后的内切产物:ExPASy(PeptideMass) [* :kinase K]

5.分析蛋白质的信号肽:ExPASy(SignalP)

6.预测蛋白质的二级结构:ExPASy(Jpred 3)

多物种分子系统发育分析:EMBL(www.ebi.ac.uk/embl/)--Toolbox--Clustal2W

人脂联素蛋白质序列:NP_004788

人类胰岛素生长因子IB前体:P05019

 

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